O Ministério Público de Contas de Santa Catarina iniciou seus trabalhos a partir da criação do Tribunal de Contas do Estado (TCE), na década de 1950 (Lei nº 1.366, de 04 de novembro de 1955). Na época, era a Corte de Contas de um representante da Fazenda Pública, que deveria apresentar como requisitos para o exercício do cargo o título de doutor ou bacharel em Direito, sendo a este atribuído vencimentos iguais aos dos ministros do Tribunal de Contas.
O primeiro quadro de funcionários da Procuradoria da Fazenda junto ao Tribunal de Contas do Estado foi criado pela Lei nº 2.126, de 26 de outubro de 1959. Em 17 de agosto de 1961, por intermédio da Lei nº 2.813, passou a denominar-se de Procuradoria-Geral da Fazenda Pública, diretamente subordinada ao Chefe do Poder Executivo Estadual.
Posteriormente, por alteração contida na Lei Ordinária nº 3603, de 10 de dezembro de 1964, passou a denominar-se de Procuradoria-Geral da Fazenda Pública junto ao Tribunal de Contas, com definição de sua competência como órgão auxiliar da execução orçamentária e fiscalização, representando assim, com exclusividade, a Fazenda Pública Estadual. Dispunha, ainda, esta norma que o Procurador-Geral da Fazenda seria nomeado dentre os Procuradores da Fazenda ou Advogados ou Bacharéis de Direito de ilibada reputação.
Em 1979, mediante a Lei nº 5.660 de 04 de dezembro de 1979, a Procuradoria-Geral da Fazenda Pública do Tribunal de Contas foi reestruturada e teve suas funções e atribuições ampliadas. A Consolidação do papel institucional da Procuradoria-Geral veio por intermédio da Carta Magna de 1988, que, além de dotá-la de dignidade constitucional, conferiu-lhe atribuição de Ministério Público Especial, com atribuições junto aos Tribunais de Contas, assegurando, ainda, um elenco de direitos e garantias a seus membros, os quais, por reflexão constituem princípios informadores do perfil constitucional do Parquet Especial.
A Lei Complementar nº 202, de 15 de dezembro de 2000, que alterou a Lei nº 31, de 27 de setembro de 1990, além de confirmar a independência funcional do Ministério Público de Contas, ampliou a sua competência dando-lhe também autonomia administrativa. Em 2009, via Ação Direta de Inconstitucionalidade (ADI 328), o Art. 102 da Constituição Estadual de Santa Catarina é alterado e fica estabelecido que o ingresso para a carreira de Procurador do Ministério Público de Contas se dá por meio de concurso público.
Atualmente, o quadro de procuradores é composto por cinco membros, bacharéis em Direito, cujo ingresso na carreira é por concurso público de provas e títulos, sendo o Procurador-Geral escolhido, dentre seus membros, em lista tríplice e nomeado pelo Governador do Estado. No momento, dos cinco postos de Procurador, apenas três são ocupados em Santa Catarina.